A Arqueologia na Unicamp teve desenvolvimento precoce. Já na década de 1980, a arqueóloga Niède Guidon atuou no Núcleo de Pesquisas Arqueológicas – Nipar, entre 1986 e 1991, como pesquisadora visitante, com particular destaque na interação com a comunidade e na difusão de temas arqueológicos para o grande público.

Com a entrada do professor Pedro Paulo A. Funari, em 1992, pesquisas arqueológicas desenvolveram-se também com grande impacto social e político, com escavações em Palmares, mas também e em particular no âmbito do World Archaeological Congress, na formação de quadros arqueológicos qualificados, que hoje ocupam posição de liderança no Brasil e no estrangeiro, sempre com a marca da pesquisa de ponta, bem inserida na ciência internacional e preocupada com as questões sociais e políticas.

A Arqueologia Pública, por sua vez, iniciou-se na Unicamp em 2005, com a publicação da Revista de Arqueologia Pública, e com a constituição, em seguida, do Laboratório, ligado ao Núcleo de Estudos Estratégicos – NEE – em 2006, com instalações no Instituto de Filosofia e Ciências Humanas.

Já em 2007, com acervo proveniente de parcerias, estagiários, estudantes de graduação e pós-graduação e doutores passaram a colaborar com suas atividades.

O Laboratório de Arqueologia Pública Paulo Duarte passou a integrar o Núcleo de Estudos e Pesquisas Ambientais (NEPAM) da Universidade Estadual de Campinas, Unicamp, em fins de 2009.